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Classes que implementam o método __len__, quando testadas com if, este método é invocado. Portanto, para uma lista vazia, o teste falha.

x = [];

if x:
    print "OK" # Nao imprime nada

Para mudar este comportamento, basta reimplementar o método __nonzero__.

class MyList(list):
    def __nonzero__(self):
        return True

x = MyList();

if x:
    print "OK" # Imprime OK